Специально исходники качать не стал, но в бинаре упоминание есть, скорее всего в исходниках - именно оно и будет:
# strings /usr/sbin/i2pd | grep i2pd.conf
i2pd.conf
Path to main i2pd config file (default: try ~/.i2pd/i2pd.conf or /var/lib/i2pd/i2pd.conf)
Поиск по дереву исходников делается командой "grep -r "